Gobernación de Castilla del Oro, correspondió a don Gaspar Morales y otros, visitar y conquistar las pequeñas poblaciones aborígenes (indígenas) del Archipiélago, estableciéndose en San Miguel (Isla del rey ya).
En las cartas de Balboa se mencionó de que al visitar al Cacique TERAREQUI; recibió una enorme perla sacada en las costas del Archipiélago y que él se la envió a los Reyes de España, la que fue valorizada en 900,000 maraveris, y que todavía se menciona como una de las más grandes, famosas y caras del mundo. La cual es además conocida con los nombres de La Peregrina, La Huérfana o La Sola.
Finalizado la cuarta década del período de conquista y colonización de Castilla del Oro (Istmo de Panamá), ya eran raros los aborígenes que habitaban las islas del Archipiélago de las Perlas y que habían sido reemplazados por los negros traídos como esclavos desde el África. Desde entonces predomina ese elemento etnológico en las islas y fueron quienes iniciaron las bucerías de ostras y perlas, trayendo para la región un resurgir y prosperidad valioso.
En la segunda mitad del Siglo XVI, comenzaron a visitar el Archipiélago los piratas, corsarios y bucaneros ingleses y franceses; causando las consecuencias de la crisis y depresión que sufrió San Miguel y los otros poblados por las hazañas de estos facinerosos de esa época.
